再者，如今的社会保障政策不能完全覆盖农村，农村居民的养老、医疗、失业等保障体系尚未完全建立起来。现行户籍管理、土地管理、社会保障、财税金融、行政管理等制度，在一定程度上固化了已经形成的城乡利益失衡格局，制约了农业转移人口市民化和城乡发展一体化。
1.强征土地侵农民权益
当前，二元结构导致的城乡差别在某些方面不仅没有缩小，反而继续扩大。一方面，基本公共服务水平在城乡间差距较大，导致人口过度向大城市集中，加剧了城乡之间、地区之间发展不平衡。另一方面，一些地方强征农民土地，低征高卖，以地生财，严重侵犯农民土地和财产权益。
城镇化的快速推进，城市规模的不断扩大，造成了对农民耕地和宅基地的占用。在这个过程中，还存在着对被拆迁农民补偿不到位的现象。城市拆迁引发的社会矛盾突出，将影响社会稳定和谐发展。
2.农村“空心化”日益严重
在高速城镇化的同时，还存在严重的“农村病”，城乡差距扩大。表现在农业生产要素高速非农化，耕地流失，农民社会主体过快老弱化，特别是青壮年农民大量外出打工造成农村“空心化”日益严重，目前农村主要以留守老人、留守妇女和留守儿童等“三留人员”为主。农村文化衰弱、产业衰弱、农村建设用地日益空废化、农村水土和环境严重污损化。上述情况造成城乡发展不协调、不平衡，是我国经济社会发展的主要矛盾。