为维护公立基础教育的公共性，保障公民平等受教育权利，2000年后，在全国达成基本“普九”目标的情况下，办学资源的投入战略开始明确转向，财政经费更倾向于投入西部贫困地区和农村地区。2002年4月，国务院办公厅印发《关于完善农村义务教育管理体制的通知》，其中就农村义务教育的管理机制、保障机制和监督机制进行了安排，以保证农村义务教育办学的各方面投入。2003年9月，国务院发布《关于进一步加强农村教育工作的决定》，落实了中央、省和地（市）级政府在农村义务教育办学中分别承担的财政投入责任。同年12月，国家科技教育领导小组会议通过了《国家西部地区“两基”攻坚计划（2004—2007年）》，为落实西部地区的基本“普九”，中央财政投入100亿元资金。2005年12月，国务院颁发《关于深化农村义务教育经费保障机制改革的通知》，提出“逐步将农村义务教育全面纳入公共财政保障范围”，为农村义务教育学校的办学进一步提供了强大有力的政府财政支持。为改善贫困地区和农村义务教育学校的办学条件，教育部先后启动了“全国中小学危房改造工程”（2001年）、“农村寄宿制学校建设工程”（2004年）、“农村中小学远程教育工程”（2004年），还实施了“‘十一五’期间中西部地区特殊教育学校建设规划（2008—2010年）”（2007年）、“农村义务教育薄弱学校改造计划”（2010年）等一系列专项工程，积极改善中西部和农村学校的办学硬件。