史家点评：
与其为君而不得掩其恶，以息人之为恶。
——北宋·欧阳修《新五代史》
太祖朱全忠像
回到长安之后，朱温接受崔胤的建议，尽杀宦官?700多人，同时废除神策军，掌控了皇室。唐昭宗任命他为诸道兵马副元帅，进爵为梁王，并加赐“回天再造竭忠守正功臣”的称号。没过多久，朱温又找借口杀了宰相崔胤。从此朝中大权就落到了他一人手中。朱温又要求昭宗迁都于自己的领地洛阳，开始的时候，昭宗没有答应，当朱温再次上表请求昭宗迁都洛阳，昭宗不好再驳朱温的面子，只好答应迁都。途中，朱温把昭宗左右的200?余人全部杀掉，换上了他选的形貌相似的亲信。昭宗起初还不能辨别，时间长了就觉察到了，却也不敢说些什么。
天祐元年（公元904年）八月，朱温密令朱友恭、氏叔琮等人弑杀昭宗，以绝后患。然后假借皇后之命废了年龄较大的太子李裕，立?13?岁的李柷为帝，是为唐哀宗。为了推卸罪责，他在事前带兵离开洛阳到河中前线去讨伐新附于李茂贞的杨崇本。在回师途中，他在得知唐昭宗被弑之后，假装震惊，痛哭流涕地说：“奴才们辜负了我，让我背上了不忠不孝之名，遗臭万年啊！”回到洛阳之后，他伏在昭宗的灵柩上恸哭不止，反复向众人表白弑君这件事不是他的意思。随后，他杀了朱友恭、氏叔琮等人灭口。然而朝野上下，依旧对此事议论纷纷。朱温索性一不做二不休，杀了废太子李裕及昭宗其他诸子。后来又在亲信李振的鼓动下，杀害左仆射裴枢、右仆射崔远、工部尚书王溥、兵部侍郎王赞等朝臣30余人，弃尸于滑州白马驿附近的黄河，史称“白马之祸”。这件事后，大唐朝堂势力基本被清除一空。