万历四十四年（1616年），“南京教案”发生，南京教堂的神甫王丰肃、谢务禄、钟鸣礼以及23名教徒均被逮捕监禁。明神宗下旨禁教，耶稣会士们被“督令西归”，驱至澳门。耶稣会士在中国的公开传教活动至此告一段落。但是不久，一些传教士又悄然潜回内地，在中国教徒的掩护下秘密传教，直到明朝灭亡。
注释
[1] 《明孝宗实录》卷十三。
[2] 《明孝宗实录》卷八。
[3] 张瀚：《松窗梦语·灾异纪》。
[4] 青词，又称绿章，是斋醮时献给天神的奏章祝文。多为骈俪体，一般用朱笔写在藤纸上，因而得名。
[5] 沈德符：《万历野获编·进药》。
[6] 李诩：《戒庵老人漫笔·辟世俗释道》。
[7] 《明史·穆宗纪》。
[8] 朱元璋：《御制斋醮仪文序》。
[9] 在元代，正一天师的辖权仅限于统领江南诸路道教。
[10] 《明史·职官志三》。
[11] 《明通鉴》卷二十二。