秦始皇的荒淫残暴，很快就激起了所有人的反抗。那些幸存的六国贵族，一直对他恨之入骨，就多次派人行刺；而广大百姓刚脱离了割据的战乱，又陷入了暴政的深渊，他们苦不堪言，都诅咒秦始皇早点死，秦王朝快点亡。秦始皇生性多疑，总害怕有人图谋他的性命和江山，所以不愿相信任何人，还时常捕风捉影，滥杀无辜。在他的朝堂上，任何人都不能靠近他，连带刀的护卫都离他远远的。
始皇专制，那些士人无法施展抱负，也对秦王朝的统治政策强烈不满。面对士人的指责，秦始皇采用了丞相李斯的建议，在全国开展了一场大规模的“焚书”活动。他下令将《秦记》以外的史书统统烧毁，把除博士官掌管收藏外的天下所有《诗》《书》和诸子百家书籍全部烧毁，只准保留医药、卜筮和农书。
不过焚书也没堵住士人的嘴，他的残暴专制反而激起了更大的民愤，士人的议论也有增无减。秦始皇怒不可遏，派出御史去调查，结果查出“犯禁者”460多人。这些人全被拖到骊山深谷中活埋了，因为其中儒生很多，所以此事史称“坑儒”。
焚书坑儒，用残暴手段镇压百姓，这样就引起了百姓更大的怨恨。当时楚地流传着“楚虽三户，亡秦必楚”的歌谣。还有人在一块陨石上刻写“始皇死而地分”的字样。这些事又引来秦始皇更凶残的杀戮。在他的暴政下，百姓的反抗也更强烈了，秦王朝的覆灭之路就这样开始了。