20世纪90年代，学者们继续为建立独立的教育史学科理论体系进行努力和探索。杜成宪教授认为中国教育史学科是否能够享有“科学”的美名，取决于我们是否已经建立了中国教育史学理论。杜成宪教授认为中国教育史学理论应包括两部分：一是以中国教育史研究本身为研究对象，包括中国教育史学史、中国教育史学、中国教育史编纂学和中国教育史学评论；二是以中国教育史史料为研究对象，包括中国教育史史料的辨伪、中国教育史料的辑佚、中国教育文献的版本与校勘学、中国教育史史料的考据。④
沿着这样的思路，1998年，杜成宪、崔运武、王伦信三人所撰写的《中国教育史学九十年》由华东师范大学出版社出版。该书是我国第一本教育史学史著作，分析了我国教育史学科自1904年至1994年的发展历史。该书提供了中国教育史学发展历程的详细概貌，推动了学者们进一步构建中国教育史学理论体系的尝试。之后，在《教育史学》一书中，杜成宪、邓明言撰写了中国教育史学和西方教育史学两篇内容，是我国第一部涵盖中西方教育史学发展历程的著作。2010年，郭娅教授在《反思与探索：教育史学的元研究》一书中，从元理论视角出发，探讨了教育史学的学科性及学科体系研究，教育史学的功能与价值研究，教育史学认识论研究、教育史学方法研究、跨学科研究以及未来发展趋势等方面，全面系统地分析了教育史学科的基本理论问题，并提出了自己的教育史学理论体系。2018年，周洪宇教授主编的《教育史学通论》一书出版。该书分为上卷和下卷两部分，上卷包括教育史学的学科性质与学科体系、教育史学的多维视野与跨学科研究、教育史学的功能与价值、教育史学认识论、教育史学研究方法、教育史料学六章内容。下卷包括教育史编纂学、教育史学评论、教育史研究者的素养、中国教育史学史、外国教育史学(上)、外国教育史学(下)、教育史学的未来发展七章内容。该书汇聚了周洪宇教授团队多年来从事教育史学理论学习、研究与教学的经验和心得，全面梳理了教育史学的基本问题，堪称我国教育史学领域的集大成之作。