有很多人对“潟湖说”提出了质疑，主要依据为：在太湖的湖底、岛屿及其周边，人们发现了古代居民留下的坟墓和村庄的街道，甚至有人在太湖的湖底找到石器时代的遗址。如果太湖自古就是一个“潟湖”，那么这些遗迹的存在又怎么解释呢？
陨石冲击说
经专家研究，关于太湖的成因又有了新的说法。有人提出太湖可能是天外飞石“砸”出来的，即“陨石冲击说”。提出这个观点的研究者们列出了以下证据：
第一，从太湖外部轮廓看，它东北部向内凹进，湖岸非常破碎，而西南部则向外凸出，湖岸非常整齐，像一个平滑的圆弧，与国外一些大陆上遗留下来的陨石坑外形十分相似。
第二，太湖周围的岩层断裂有惊人的规律性。在太湖的东北部，岩层有不少被拉开的断面，而西南部岩层的断裂则多为挤压形成的断面。这种地层断裂情况只会在地面受到一种来自东北方向的巨大冲击时出现。
第三，在太湖四周有成分十分复杂的角砾岩，有的岩石放在显微镜下，我们还可以看到岩石因受冲击而产生变质的现象。