第二次世界大战结束后，艾森克转到伦敦大学精神医学部的教学医院（Maudsley Hospital）担任心理学部主任，负责临床心理师的训练工作。在这一方面，他提出三项主张：（1）临床心理学应成为一个独立的学科，而不能视为附属于精神医学的一部分。（2）临床心理学者不应完全因循精神分析理论。（3）临床心理学应建立以科学取向为基础的临床与实验的研究。由于艾森克的努力，他的这些主张都得以实现，而且获得颇为辉煌的成就。他去世前是伦敦大学精神医学研究所的荣誉退休教授，当时他仍继续致力于著述和研究工作。艾森克著有专著约40种，研究论文达600篇，著述等身。1994年美国心理学会把“William James Fellow Award”颁赠予艾森克，以表扬其在学术上的成就和贡献。艾森克于1997年9月逝世，享年81岁。艾森克的夫人和儿子均为心理学家。
艾森克以多产的著者与研究者而闻名于整个欧洲及美国，但他也同时拥有相当好辩的名声，艾森克的好斗风格被形容为“知识界的斗士”，因为他经常站在现有理论的对立面，反对这些理论，如与弗洛伊德的投射技术对立，提倡行为疗法和遗传研究，等等。20世纪50年代中期，艾森克与精神分析治疗家展开了一场论战，他认为没有证据表明心理治疗比自然缓解更有效。简而言之，那些没有经过治疗的病人可能会像那些接受训练有素的精神分析专家昂贵、痛苦、漫长心理治疗的病人一样会恢复健康（Eysenck，1952）。艾森克并不害怕自己所持的观点与大多数人不同，《智商论》一书的基本主张就是智力基本上由遗传决定的，后天的良好教育并不能使其显著提高。这一观点引起了轩然大波，遭到了来自种族平等主义者的极力反对，甚至有美国人威胁说：“如果书商们胆敢购进这本书，他们就要放火予以报复。”结果，即使在美国这个言论自由的国度里，竟然不大可能买到这本书（Eysenck，1980，p.175）。