现在产生了一个使佩德拉里亚斯感到恼火的情形。一方面，他的任务是要使叛逆者巴尔博亚为其以前赶走总督负责，如果他的罪证确凿，就要判他监禁；另一方面，他又有发现南海的任务。他的船刚靠岸，他便知道，他要控告的这位巴尔博亚擅自完成了伟大的事业，这位叛逆者已庆祝过他所取得的胜利，自美洲被发现以来他为西班牙王国建立了最大的功勋。当然，他现在不能把这样一个人像个普通罪犯那样吊死，他必须有礼貌地向他致敬，真诚地向他祝贺。从这时起，巴尔博亚已经输了。佩德拉里亚斯绝不会原谅这位竞争者独自去完成应该由他去完成的、并保证他永享光荣的事业。为了不要过早地激怒这些拓荒者，他必须隐藏起对英雄们的仇恨，调查延期，甚至建立起一种虚伪的和平。与此同时，佩德拉里亚斯令其仍呆在西班牙的女儿同巴尔博亚订了婚。但他对巴尔博亚的仇恨和嫉妒丝毫没有减少，相反只有加深。现在从终于知道巴尔博亚事业的西班牙传了一道圣旨，追认这位以前的叛逆者擅自取得的称号，同时将巴尔博亚封为贵族。给佩德拉里亚斯的任务是要他在每项大事上都要与他共同商量。这块土地对两个总督来讲显得太小，一个必须离开，两人中必须有一个要灭亡。巴尔博亚感到随时有生命危险，因为佩德拉里亚斯手里掌握着军权和司法。于是他想第二次逃亡，他第一次逃亡成功，因逃亡而名垂千古。他请求佩德拉里亚斯允许他组织一支探险队去侦察南海海岸和占领其周围广大地区。但这老叛逆者的私下打算是在海的另一边不受任何监督地建立一支舰队，并成为他自己地盘的主人。如果可能的话，便去占领这个传说中的“比鲁”，这个新世界的俄斐。