1984年1月19日，围绕1980年度和1983年度的教科书审查意见，家永三郎再次以国家为对象向东京地方法院提出诉讼，要求给予赔偿，史称“第三次教科书诉讼”。1989年10月3日，东京地方法院宣布，“加藤判决”尽管承认在个别历史问题上文部省滥用了审查权，但认为审查制度符合宪法。家永三郎不服判决，10天后提出上诉。1993年10月20日，东京高等法院宣布“川上判决”，认为审查制度符合宪法，但对“南京大屠杀”、“日军对妇女的残暴行为”等问题的审查上滥用了裁量处理权。尽管得到部分胜诉，但家永三郎再次上诉。1997年8月29日，最高法院宣布“大野判决”，认为文部省的“审查意见中四处违法”，其赔偿额增至40万日元。至此，长达32年的家永三郎教科书诉讼案以家永三郎的部分胜诉而告终。
从表面上看，家永三郎针对教科书审查制度提出诉讼是有关历史记述内容的争论，但其实质目的是明确国民拥有教育权。也就是说，国家权力介入学术和教育违背宪法精神，文部省对教科书的审查是国家以特定学说评价或干涉其他学说，是一种粗暴侵犯学术自由的非法行为。