除此以外，频繁发生在军队中的哗变问题也从未得到过足够的重视，据不完全统计，万历即位以来发生过的兵变数量就达到七次，而如此多的兵变发生的原因不外乎补给不足、待遇太差，可张居正变法的条令被逐渐废弛之后，万历也并没有拿出什么实质性的举措来解决这个问题，当宁夏充分暴露出兵变的态势后，万历依然没有看到平叛的成功背后，是多么巨大的蛀洞。
明军的战斗力衰弱，还有一个原因是“以文制武”之风盛行，虽说文武制衡之举可以很大程度上减少武官拥兵坐大的危险，用文臣固有的“忠君”思想来左右武官的行动也能起到防患于未然的作用，但文官权重在战场上也常常会导致错误决策，明末文官的风评也不怎么乐观，不切实际、瞎指挥是严重的问题，还是回到万历三大征的背景中，哱拜反叛导火索是党馨的狭隘，李如松的无奈辞呈也是因为和宋应昌的矛盾，文官不晓得战局而一味以冥想凌驾于武官之上颐指气使，武官不甘受指挥轻于文官但权力有限，战场上就往往会出现文武不和、将帅争权的困境，这对于军队战斗力实在是无谓的消耗。