更让刘彧尴尬的是，他虽然占据着首都，更早称帝，但天下大多数州县却承认刘子勋为新皇帝，不承认他。徐州刺史薛安都、冀州刺史崔道固、青州刺史沈文秀等实力派都宣布效忠寻阳的朝廷，还派兵响应刘子勋；湘州、广州、梁州等地也向刘子勋表示效忠；东边的会稽、吴等地也效忠刘子勋，并且起兵反对刘彧。刘彧能控制的，只有首都建康和周边丹阳、淮南等几个郡的地方。
刘彧心态很好。他本来就没想到能当皇帝，现在也不在意将皇位让给刘子勋。铁杆兄弟刘休仁拉住刘彧，不让他让位，鼓励他奋战一场再决定进退不迟。
于是，刘彧在泰始二年（466）正月下令内外戒严，以司徒建安王刘休仁为都督、王玄谟为江州刺史，发兵讨伐刘子勋。刘彧即位后，原本依附刘子业的沈攸之遭到冷遇。沈攸之告发昔日同伴宗越、谭金等人“谋反”，得到了刘彧的好感，重新被任用。这次，沈攸之也在讨伐将领之列。他确实有才，而且从军多年，经验丰富，屡败刘子勋的部队。而刘子勋称帝后，以邓琬为丞相。邓琬虽有热血却无谋略，且拉帮结派、贪图享受。面对节节推进的沈攸之等人，邓琬惶恐无计，在内乱中被杀。沈攸之攻入寻阳，擒斩十一岁的刘子勋。刘休仁再分别派遣将领进攻荆、郢、雍、湘等州，相继铲除支持刘子勋的势力。