抗战胜利后，各内迁学校纷纷迁回原地复校。到1946年9月大部分学校正式开学复课。一些学校如中央工校、辅成学院、正阳学院、成华大学等，仍留在西南或西北续办；国立中学交各省办理，战区学生遣送回乡。从抗战胜利到国民党结束对大陆的统治，学校教育基本上处于混乱之中。
第一，在初等教育方面，仍然实施国民教育制度，并在全国普遍推行。同时，为了适应新形势的需要，修订了小学课程标准，制订了国民学校及中心国民学校规则，进行小学教员总登记，颁布国民学校教职员任用、待遇、进修保障办法等。1946年1月，教育部又订立了《全国实施国民教育第二次五年计划》。但由于国民党不久便挑起了全面内战，计划多无法实施。
第二，在中等教育方面，中学复员、接收后，学校数量增加，中等教育有了较大的发展。中等职业教育在战后实业建设对初级和中级技术人才需要的刺激下，数量有所增长。但这个发展是极短暂的。1947年开始，随着国民党军事上的失败，一些地区的中学师生受国民党欺骗，纷纷南迁，国民党教育部为安置这些师生，先后设立80多所“临时中学”和“联合中学”。
第三，在高等教育方面，国民政府相继公布了《大学令》、《专科学校法》、《改进师范学院法》，修订《师范学院规程》，制定《国外留学规则》等，加强了对高等教育的控制。1948年1月颁布的《大学法》规定：大学以研究高深学术、养成专门人才为宗旨；大学分国立、省立、市立及私立数种，其设立、变更及停办，均需教育部核准；大学分文、理、法、医、农、工、商等学院；师范学院由国家单独设立，凡具备三学院者，方可称大学。此外，还对学校校长、院长、教师和学生都作了规定。