然而，司马迁在进行了长达近二十年的知识积累，并开始撰写这部历史巨著的时候，李陵事件发生了。公元前100年，苏武在出使匈奴时，被匈奴单于扣留。对此汉武帝大为震怒，并立即派将军李广利带兵征讨匈奴，结果双方互有胜负。到了第二年，汉武帝眼见战事日久未果，又派骑都尉李陵（西汉名将李广之孙）率五千步军深入匈奴后方作战。不过，李陵为人虽然英勇善战，但他孤军深入，在与匈奴骑兵鏖战数日后，终因弹尽粮绝且无援兵救助而兵败投降。
当此事传入朝廷后，朝野上下对此事议论纷纷，甚至还有人为了迎合汉武帝将兵败投降之事全都推到了李陵一人身上。汉武帝也知道是因自己筹谋失算害了李陵，但是，作为皇帝他又放不下面子，眼见臣下这么说，便觉得自己有台阶可下了。但是，为了不让自己在历史上留下污点，他又询问太史令司马迁关于此事的看法。
司马迁为人正直，再加上私下与李陵的关系很好，深知李陵的为人。因此，司马迁并没有趋炎附势，而是设身处地地为李陵辩解道：“李陵面对数十倍于自己的敌人，仍然坚持带兵浴血奋战，并杀死数倍于自己的敌军。他完全是在弹尽援绝的情况下，不得已才投降的，说不定日后他还会找机会报效朝廷的。”